La tribu Mbayá y los Pajagua, canoeros, amenazaban la zona comprendida entre los ríos Ypané, al norte; Manduvirâ al sur, y toda la cuenca del río Jejuí.

Los indígenas en 1660 se sublevaron en Arekaja, contra el sistema de encomiendas (mita y yanaconato), ocasionando la desaparición de ese pueblo. Para recuperar la zona, se fundaron y poblaron las siguientes misiones: San Estanislao en 1749, Villa del Rosario, en 1786 y más tarde, San Pedro del Ykuamandyju en 1786.

Por ley en 1906 se creó el Segundo Departamento de San Pedro, que abarcaba los territorios partidos de Itacurubí del Rosario, Santa Rosa del Aguaray, Tacuatí, Unión, Ygatimi y Kuruguaty. También abarcaba la zona de Kanindeju. En 1973 se determinaron finalmente los límites de San Pedro.

Es cuna de los importantes protagonistas de la historia del Paraguay, los próceres Vicente Ignacio Iturbe y Juana María de Lara, así como de músicos como Rosita Mello, originaria de Santaní.

Se sitúa en el centro este de la Región Oriental, entre los paralelos 22º 00´y 23º 30´de latitud Sur y entre los meridianos 58º 00´y 56º 06´ de latitud Oeste.

Al Norte: el río Ypané lo separa del Departamento de Concepción.

Al Sur: el río Manduvirâ y el Arroyo Hondo lo separa del Departamento de Cordillera además la Cordillera de San Joaquín lo separa del Departamento de Caaguazú.

Al Este: el río Aguaray Guasu lo separa del Departamento de Amambay además los ríos Jejuí Guasu, Kuruguaty y Corrientes lo separa del Departamento de Canindeyú

Al Oeste: el río Paraguay lo separa del Departamento de Presidente Hayes .

Es el departamento más extenso de la región Oriental, es eminentemente agrícola, ganadero y forestal.

En San Pedro el suelo aluvional de material calizo al norte y llanos, esteros y lagunas al sur.

La Serranía de San Joaquín al sur del departamento en el límite con el Departamento de Caaguazú, se destacan los cerros Kurusu, Corazón, Aguaray, Noviretâ, Guaviray y San Miguel. El Cerro Dos de Oro, en Kapi´ivary es también una importante elevación en San Pedro.

Más de la mitad del territorio del departamento es apta para la agricultura y en las zonas ribereñas se practica la ganadería.

El Arroyo Mbutuy, en el distrito de Veinticinco de Diciembre sur del departamento.

El río Paraguay es el caudal hídrico más importante de San Pedro, que aparte de constituirse como una legendaria vía de transporte y comunicaciones con la ciudad capital Asunción, se constituye fuente de trabajo para los estibadores y pescadores de las poblaciones reivereñas. Este río no solo bordea toda la zona oeste del departamento sino que lo separa de la Región Occidental y sirve de límite con el departamento de Presidente Hayes.

Los afluentes del río Paraguay son: el Ypane, el Jejui Guasu, con sus dos afluentes, el Aguaraymi y el Aguaray Guasu, el río Manduvirã, con su afluente el arroyo Takuatĩ. Se destaca también el río Corrientes ubicado hacia el este del departamneto y el arroyo Mbutuy en Veinticinco de Diciembre.

El mítico arroyo Tapirakuaĩ, en San Estanislao es muy conocido por las leyendas que giran entorno a sus aguas, actualmente muy contaminadas por la urbanización.

En San Pedro, abundan los grandes humedales a pesar de su proximidad con el Trópico de Capricornio. Tenemos entonces los esteros de Piripuku, San Antonio, Yetyty, Tapirakuaî, Peguahó, Mbutuy, Tovatĩry, los bañados de Aguaraka´aty y las lagunas Vera y Blanca, esta última muy visitada por sus paradisíacas playas de arena blanca parecidas a las que posee el Océano Atlántico. Fue declarada destino turístico nacional por la Secretaría Nacional de Turismo.

Los puertos principales del Departamento de San Pedro sobre el río Paraguay son: Milagro, Colorado, Santa Rosa, Takuru Pytâ, Uno, Laurel, Jejuí, Mbopikua, Santa Elena y Uruguaitá.

San Pedro del Ycuamandyju: Es, no solamente la capital departamental, sino también un importante centro institucional en todo el territorio. Se encuentra en una de las márgenes del río Jejuí y su perfil urbano, con coloridas casonas, tiene el encanto de una tarjeta postal. Es un centro educacional reconocido en todo el país. Inicialmente se llamó Ycuamandyju, que significa en guaraní, surgente de algodón.

Esta capital fue fundada por José Ferreira y Pedro García en 1786. Está ubicada a 3 kilómetros del río Jejuí, donde los pobladores acuden a pescar. Muy cerca se encuentra la legendaria surgente de agua, que dio el nombre a la villa. Los pobladores se dedican a la agricultura y ganadería.

Su catedral, dedicada al Santo Patrono, posee un bello retablo exquisitamente tallado y cuenta con un importante patrimonio de imágenes barrocas del siglo XVIII, más su Casa de la Cultura son atractivos de interés para los visitantes.

Antequera: (o Colonia Antequera, Puerto Antequera) es un distrito y una ciudad de Paraguay, en el Departamento de San Pedro. Está ubicado sobre el río Paraguay y es una zona agrícola por excelencia. En el año 1892 fue fundada por Juan Alberto y José Visitación López.

Choré- Chore: En el año 1967 fue colonizado y elevado a distrito el 11 de diciembre de 1981. Sus pobladores se dedican a la agricultura y ganadería. El arroyo Choré es su punto de atracción.

General Elizardo Aquino: El distrito lleva honrosamente el apelativo del heroico luqueño General post mortem Elizardo Aquino Jara, muerto coronel, en combate, en la Batalla de Paso Pucú, el 19 de julio de 1866 a los 42 años (Dios guarde su alma requiem in pace). Antiguamente se llamaba Colonia Trinacria. Los colonos italianos fueron los actores de su fundación en el año 1898.Fue elevada a categoría de distrito el 25 de octubre de 1939

Sus pobladores se dedican a la agricultura y la ganadería en menor escala. El monumento dedicado a los héroes del Chaco y sus espacios verdes son los lugares de interés. Sus calles se caracterizan por contar con dos carriles de circulación separadas por árboles de tajy (Lapacho)

Rosario e Itacurubí del Rosario: son pueblos muy antiguos que han conservado el carácter arquitectónico original; en la última se realiza todos los años en enero el Festival Ycuá Salas, que reúne a grandes artistas de la música y la danza. Es una ciudad agrícola y ganadera. Fue fundada 21 de junio de 1787 por el comandante Roque de Acosta Freides.

Es conocida por la fabricación de los cachapé, un tradicional y antiguo vehículo similar a la carreta.

Veinticinco de Diciembre: fue elevado a distrito por ley Nº 396 del año 1973. Es una población agrícola y ganadera con alrededor de 10 mil habitantes. Posee un hermoso balneario sobre el arroyo Mbutuy como sitio de interés para los visitantes además de las estancias en las inmediaciones del centro como así también los humedales del Mbutuy.

Lima: Es una de las poblaciones típicas nacidas a finales del siglo XVIII que conservan una fuerte impronta franciscana, mientras Choré y Guayaybi se destacan por su intensa producción agrícola. Hasta hoy conserva su antigua iglesia de adobe, erigida en tiempos de la colonia. Fue fundada en el año 1792 y se le atribuye a Fray Pedro Bartolomé.

La principal actividad de sus pobladores es la elaboración de la yerba mate. Su playa, balneario, estancias y su plaza marcan las atracciones de la ciudad.

Nueva Germania: Fue fundada el 23 de agosto de 1887 por el doctor Bernard Förster que estaba casado con Elizabeth Förster-Nietzsche, hermana anti-semita del filósofo alemán Friedrich Wilhelm Nietzsche. Su idea fue crear una comunidad modelo en el Nuevo Mundo y mostrar la superioridad alemana.

Se dedican a la agricultura, y en especial al cultivo de y producción de la yerba mate. Alberga en la reserva ecológica “laguna Blanca”. Quedan en el pueblo muchas reminiscencias germánicas. Existe un museo que recuerda los orígenes de la comunidad.

San Estanislao: Más conocida comúnmente como Santaní, fue por mucho tiempo un activo centro del comercio yerbatero y de su pasado jesuítico conserva una construcción que hoy hace de Museo y ornamentos litúrgicos. Fue fundada por el jesuita Sebastián Yegros el 13 de noviembre de 1749.

La ciudad conserva el bello paisaje urbano de casonas y señoriales fachadas que adquiriera a principios del siglo XX, con la incorporación de inmigrantes europeos a su población; el famoso arroyo Tapiracuai es un balneario muy concurrido durante los meses de verano; cuenta con varias fuentes de agua o ycúa, que proveen agua, algunos son: Ycúa Po’i, Ycúa Pereira, Ycúa Loma. Su iglesia es considerada hoy día Monumento de interés nacional y considerada reliquia histórica.

Peaje en 25 de Diciembre. Veinticinco de Diciembre es el Portal del Norte por donde se accede al Segundo Departamento de San Pedro y a todo el norte del país.

San Pablo: fue elevado a distrito el 24 de diciembre de 1979. Está ubicada al sur del río Jejuí Guazú. Sus pobladores se dedican a la agricultura y en menor escala a la ganadería. Atrae por sus cristalinas aguas el río Jejui Guazú.

Tacuaty - Takuatî: es un remoto pueblo del Paraguay nacido como reducción de indígenas a fines del 1700. En la localidad se encuentran escrituras rupestres y ruinas de un antiguo templo a orillas del río Ypané que según algunos es una prueba de la presencia de vikingos en América antes de la llegada de los colonizadores españoles. Al norte del distrito surca el río Ypané.

Unión: en el año 1853 fue fundada. Es una ciudad agrícola, forestal y ganadera. Está situada al sur del departamento. En tiempos pasados fue un importante centro comercial por su privilegiada ubicación. Posee pequeño y cristalinos arroyos.

Villa del Rosario: fue fundada por Pedro Melo de Portugal en el año 1787. Está situada a 22 kilómetros de General Elizardo Aquino sobre la margen izquierda del río Cuarepotí.

Los pobladores se dedican a la agricultura que es la base de la economía. La colonia menonita Volendam se encuentra asentada desde el año 1947 hasta hoy día. Posee edificios de estilos coloniales, la iglesia antigua y balneario como atracción.

General Resquín: se encuentra a 17 kilómetros de Lima y se caracteriza por lo fértil de su tierra. Producen las frutas más dulces de la zona. Se beneficia por su cercanía a la ruta asfáltica y al río Jejuí. Cuenta con colonias y centro agrícola.

Yataity del Norte- Jataity del Norte: antiguamente conocida como Yataity, luego como Felipe Matiauda y el año 1972 Yataity del Norte. Es el pueblo más densamente poblado con 39 habitantes por kilómetro cuadrado. Sus primeros pobladores llegaron al finalizar la revolución de 1922. El crecimiento del pueblo coincide con el inicio del asfalto de la ruta III.

Guayaibí – Guajaivi: está ubicado sobre la ruta III. Sus pobladores se dedican a la agricultura y en menor escala a la ganadería. Posee una exuberante vegetación, arroyos y grandes extensiones de cultivos y pasturas.

El territorio del departamento se encuentra entre dos eco-regiones: Selva Central y Litoral Central.

Debido a la deforestación el recurso forestal del departamento es el que más se ha visto afectado, como resultado del aumento de las actividades ganaderas sobre campos naturales.

Algunas especies vegetales en vías de extinción son: yvyra paje, cedro, ñandypa, victoria cruziana. Las especies animales en peligro son: tukâ guasu, guasutî, jakare overo, mbói chini y lobope.

Entre las áreas protegidas de la región se encuentran: parte de la Serranía de San Joaquín, Laguna Blanca, Estero Milagro y los humedales del Mbutuy.

La principal actividad es la ganadería, con una moderada explotación de rubros agrícolas y casi ninguna actividad industrial.

Los principales productos de la zona son algodón, soja, caña de azúcar, tabaco, girasol, maíz, poroto, banana, trigo, marihuana, mandioca, naranjas, pomelo y piña. También cuenta con cultivos de sorgo, mandarina, ajo, habilla, ajo, arvejas y papas.

Es considerado el primer productor de tabaco del país, de naranja agria y pomelo y el segundo de producción de naranja dulce.

San Pedro es el segundo departamento en importancia en ganado vacuno y el primero en cuanto a la producción de pavos, el segundo en cuanto a gansos y guineas.

Las industrias que se asientan en la zona son desmotadoras de algodón, molinos yerbateros y destiladoras de petit grain. En menor cantidad hay aserraderos e industrias de alimentos, así como procesadoras de aceite de coco y almidón, y sus subproductos; así como fábricas de carbón vegetal.